= As a admin I want to prepare geno data linked to pheno data =
[[TracNav(MolgenisAppStories)]]

Scrum: ticket:1052

== How to demo: ==
 * Genotype data can be converted from TriTyper into PLINK format
 * Genotype data is binary format (or binary format only?)
 * Genotype data is filtered for only the selected Individuals (2.5M snps, max 20k individuals, in practice ~5k individuals)
 * Genotype data is linked to phenotype data using the study specific pseudonyms (of Individuals)

== Question ==
 * Can Harm-Jan provide us data in PLINK format?
 * in BIM format genotype data, phenotype data selection is seperate use case.

== Pre-condition ==
 * Marcel spreadsheet bevat LLPatient ID's en Marcel Pseudoniemen (gekoppeld).
 * Genotype data is in TriTyper format (???)
 * Voor onderzoek wordt LL bronpseudoniem vervangen door onderzoekpseudoniem.

== Acceptance criteria ==
 * Er is een lijst met onderzoekspseudoniem en Marcelpseudoniem (alleen voor de geselecteerde individuen!)
 * Lijst gaat mee in data export/import naar CIT Publish (tijdelijk)
 * Convertor leest TriTyper format file, filtert op individuen, en schrijft weg naar PLINK met onderzoekspseudoniem