Changes between Version 9 and Version 10 of Courses/ComputationalMolecularBiologyResearch2016


Ignore:
Timestamp:
2016-01-27T13:27:31+01:00 (9 years ago)
Author:
Pieter Neerincx
Comment:

--

Legend:

Unmodified
Added
Removed
Modified

  • Courses/ComputationalMolecularBiologyResearch2016

    v9 v10  
    1919
    2020=== Increasing diagnostic yield of fast whole genome diagnostics for new borns on the Neonatal Intensive Care Unit (NICU) ===
    21 1. [wiki:Courses/ComputationalMolecularBiologyResearch2016/P1 Improved variant calling for MtDNA] - Pieter / Freerk
     211. [wiki:Courses/ComputationalMolecularBiologyResearch2016/P1 Improved variant calling for MtDNA] - Pieter / Gerben
    2222
    2323=== Improved quantification for RNA sequencing ===
    … …  
    2828
    2929=== Single cell RNA sequencing quantification ===
    30 4. [wiki:Courses/ComputationalMolecularBiologyResearch2016/P4 Single cell RNA seq quantification ] - Gerben
     304. [wiki:Courses/ComputationalMolecularBiologyResearch2016/P4 Single cell RNA seq quantification ] - Gerben / Pieter van der Vlies
    3131
    3232=== Improved detection of transcription factor binding sites by merging sequence (context) with in vivo DNA accessibility data ===
    … …  
    9494
    9595|| **When**     || **What**                                                  || **Where** ||
    96 ||09:00 - 12:00 ||R-turorial part I (Annique Claringbould)                   ||TBA ||
    97 ||12:00 - 13:00 ||Lunch break                                                || ||
    98 ||13:00 - 13:45 ||Project intro: Improved DNA Motif finding (Iris Jonkers)   ||TBA ||
    99 ||13:45 - 14:00 ||Break                                                      || ||
    100 ||14:00 - 14:45 ||Project intro:                                             ||TBA ||
    101 ||14:45 - 15:00 ||Break                                                      || ||
    102 ||15:00 - 15:45 ||Project intro:                                             ||TBA ||
    103 ||15:45 - 16:00 ||Break                                                      || ||
    104 ||16:00 - 16:45 ||Project intro:                                             ||TBA ||
     96||09:00 - 12:00 ||R-turorial part I (Annique Claringbould)                   ||TBA        ||
     97||12:00 - 13:00 ||Lunch break                                                ||           ||
     98||13:00 - 17:00 ||R-turorial part II (Annique Claringbould)                  ||TBA        ||
    10599
    106100** Thursday 04-02-2016 **
    107101
    108102|| **When**     || **What**                                                  || **Where** ||
    109 ||09:00 - 12:00 ||R-turorial part II (Annique Claringbould)                  ||TBA        ||
     103||09:00 - 09:45 ||Project intro: Quantification for RNA seq (Niek de Klein)  ||TBA        ||
     104||09:45 - 10:00 ||Break                                                      ||           ||
     105||10:00 - 10:45 ||Project intro: DNA Motif finding (Iris Jonkers)            ||TBA        ||
     106||10:45 - 11:00 ||Break                                                      ||           ||
     107||11:00 - 11:45 ||Project intro: mtDNA analysis (Pieter Neerincx)            ||TBA        ||
     108
     109
    110110||12:00 - 13:00 ||Lunch break                                                ||           ||
    111111||13:00 - 13:45 ||Lecture: Gene Expression (Lude Franke)                     ||TBA        ||
    … …  
    114114||14:45 - 15:00 ||Break                                                      ||           ||
    115115||15:00 - 15:45 ||Lecture: Data visualization (Lude Franke)                  ||TBA        ||
    116 || 16:00        ||Discuss projects and choose one                            ||           ||
     116||15:45 - 16:00 ||Break                                                      ||           ||
     117||16:00 - 16:45 ||Project intro: Single cell RNA seq (Pieter vd Vlies)       ||TBA        ||
    117118|| 18:00        ||Deadline: Preferences for project mailed to course coordinator Pieter Neerincx || ||
    118119
    … …  
    121122|| **When**     || **What**                                                  || **Where** ||
    122123||09:15 - 09:30 ||Scrum                                                      ||TBA        ||
    123 ||09:30 - 12:00 ||Getting familiar with your project: search literature [[BR]] Design experiment and write (validation) plan || flex desks ||
     124||09:30 - 12:00 ||Getting familiar with your project: [[BR]]Search literature, [[BR]] Design experiment and [[BR]] write (validation) plan || flex desks ||
    124125||12:00 - 13:00 ||Lunch break                                                ||           ||
    125 ||13:00 - 17:00 ||Getting familiar with your project: search literature [[BR]] Design experiment and write (validation) plan || flex desks ||
     126||13:00 - 17:00 ||Getting familiar with your project: [[BR]]Search literature, [[BR]] Design experiment and [[BR]] write (validation) plan || flex desks ||
    126127
    127128=== Weeks 2-5 ===