Changes between Version 1 and Version 2 of MolgenisDownload


Ignore:
Timestamp:
2009-08-23T19:40:44+02:00 (16 years ago)
Author:
Morris Swertz
Comment:

--

Legend:

Unmodified
Added
Removed
Modified

  • MolgenisDownload

    v1 v2  
    11== Download and use MOLGENIS ==
    2 The MOLGENIS can be downloaded in                       the following formats:
     2The MOLGENIS can be downloaded in                         the following formats:
    33
    44=== Eclipse workspace: ===
    5 Download this version if you want to generate web                       applications
     5Download this version if you want to generate web                         applications
    66
    7  1. '''Download (only once)'''[[BR]]                            Download and unzip the newest 'molgenis_workspace' from:                                [[BR]][http://sourceforge.net/project/showfiles.php?group_id=228924 sourceforge.net][[BR]]                              Make sure you have installed MySQL, Tomcat and Eclipse J2EE also                                (use of postgreSQL, Glassfish and Netbeans is known to work with                                some effort).
    8  1. '''Customize'''[[BR]]                               Start Eclipse and open 'molgenis_workspace' and optionally customize                            MOLGENIS by editing files in project 'molgenis_distro':                                 [[BR]]
     7 1. '''Download (only once)'''[[BR]]                                 Download and unzip the newest 'molgenis_workspace' from:                                 [[BR]][http://sourceforge.net/project/showfiles.php?group_id=228924 sourceforge.net][[BR]]                                 Make sure you have installed MySQL, Tomcat and Eclipse J2EE also                                 (use of postgreSQL, Glassfish and Netbeans is known to work with                                 some effort).
     8 1. '''Customize'''[[BR]]                                 Start Eclipse and open 'molgenis_workspace' and optionally customize                                 MOLGENIS by editing files in project 'molgenis_distro':                                 
    99   * molgenis_db.xml to customize data structure
    1010   * molgenis_ui.xml to custumize user interface.
    11  1. '''Generate'''[[BR]]                                Right-click 'handwritten/java/!MolgenisGenerate.java' and choose 'run                           as -> java application' to automatically generate software code.
    12  1. '''Refresh'''[[BR]]                                 Right-click on 'molgenis_distro' and choose refresh to make the                                 project compile. This also gets rid of any compile errors ... unless                            you created them ;-)
    13  1. '''Update database'''[[BR]]                                 Right-click 'handwritten/java/!MolgenisUpdateDatabase.java' and                                 choose 'run as -> java application' to auto load the newly generated                            database into mysql.                            [[BR]]''                                        The first time you need to create the database from within mysql:create database molgenis;                                              [[BR]]                                          grant all privileges on molgenis.* to molgenis@localhost                                                identified by 'molgenis';                                               [[BR]]                                          flush privileges;''
    14  1. '''Run'''[[BR]]                             Right-click the project 'molgenis_distro' and choose 'run as' ->                                'run on server' to start your newly generated MOLGENIS as web                           application in Tomcat.                          [[BR]]''First time you need to point to the tomcat home directory                               ''
     11 1. '''Generate'''[[BR]]                                 Right-click 'handwritten/java/!MolgenisGenerate.java' and choose 'run                                 as -> java application' to automatically generate software code.
     12 1. '''Refresh'''[[BR]]                                 Right-click on 'molgenis_distro' and choose refresh to make the                                 project compile. This also gets rid of any compile errors ... unless                                 you created them ;-)
     13 1. '''Update database'''[[BR]]                                 Right-click 'handwritten/java/!MolgenisUpdateDatabase.java' and                                 choose 'run as -> java application' to auto load the newly generated                                 database into mysql.                                 [[BR]]''                                         The first time you need to create the database from within mysql:create database molgenis;                                                 [[BR]]                                                 grant all privileges on molgenis.* to molgenis@localhost                                                 identified by 'molgenis';                                                 [[BR]]                                                 flush privileges;''
     14 1. '''Run'''[[BR]]                                 Right-click the project 'molgenis_distro' and choose 'run as' ->                                 'run on server' to start your newly generated MOLGENIS as web                                 application in Tomcat.                                 [[BR]]''First time you need to point to the tomcat home directory                                 ''
    1515
    16 [[BR]]''                        See the                         [http://molgenis.sourceforge.net/manual.html manual]                    for more details.               ''[[BR]]
     16[[BR]]''                         See the [http://molgenis.sourceforge.net/manual.html MolgenisGuide]                        for more details.                 ''[[BR]]
     17
    1718=== Online tool: ===
    1819Use this version if you want to test-drive MOLGENIS
    1920
    20  1. Navigate to the                             [http://gbic.biol.rug.nl/supplementary/2007/molgenis_showcase online showcase]
     21 1. Navigate to the                                 [http://gbic.biol.rug.nl/supplementary/2007/molgenis_showcase online showcase]
    2122 1. Edit the xml and push the generate button*
    2223
    23 ''*Note that the online showcase uses a limited version of                      MOLGENIS.''The MOLGENIS generator is open source and can be used free of                        charge for academic use. Commercial users must apply for a commercial                   license.
     24''*Note that the online showcase uses a limited version of                         MOLGENIS.''The MOLGENIS generator is open source and can be used free of                         charge for academic use. Commercial users must apply for a commercial                         license.