Changes between Version 2 and Version 3 of research


Ignore:
Timestamp:
2017-09-13T16:04:47+02:00 (7 years ago)
Author:
jvelde
Comment:

--

Legend:

Unmodified
Added
Removed
Modified

  • research

    v2 v3  
    11= MOLGENIS Research =
    22
     3== Background ==
     4
    35The amount of biological data and biological data layers is rapidly increasing. Many medical doctors and biomedical researchers without a bio-informatics background are generating large big data so-called ’-omics’ datasets, but do not always have the skills to process, manage or publicly share these data. In this paper, we present MOLGENIS Research, an open-source web-application that allows non-bioinformaticians collect, manage, analyze, visualize and share large and complex biomedical datasets, without the need for advanced bioinformatics skills.
     6
     7== Data flow ==
     8
     9MOLGENIS Research contains a selection of apps that are of particular interest to life science investigators. These apps are grouped into the five categories that represent the typical flow of research data: (i) [[span(style=color: #0000FF, '''Collect''' )]]: the gathering or entering of data into the database; (ii) [[span(style=color: #0000FF, '''Manage''' )]]: the inspection and handling of data inside the database; (iii) [[span(style=color: #0000FF, '''Analyze''' )]]: detect patterns and statistically significant differences in the data using algorithms and statistical tests; (iv) [[span(style=color: #0000FF, '''Visualize''' )]]: creating graphs and other visualizations; and (v) [[span(style=color: #0000FF, '''Share''' )]]: making data, the visualizations, and the results available to collaborators or the entire scientific community.
     10
     11Therefore, the menu structure of MOLGENIS Research is as follows:
     12
     13{{{
     14#!html
     15<table border="1" cellpadding="2">
     16        <tr>
     17                <td valign="top">
     18                        <b>Home</b>
     19                        <br><br> -
     20                </td>
     21                <td valign="top">
     22                        <font color="blue"><b>Collect</b></font>
     23                        <ul>
     24                                <li>Import data quick</li>
     25                                <li>Import data advanced</li>
     26                                <li>Import data manually or annotate</li>
     27                                <li>Ingest files remotely</li>
     28                                <li>Fill in questionnaire</li>
     29                        </ul>
     30                </td>
     31               
     32                <td valign="top">
     33                        <font color="blue"><b>Manage</b></font>
     34                        <ul>
     35                                <li>Explore data tables</li>
     36                                <li>Explore data folders</li>
     37                                <li>Edit metadata</li>
     38                                <li>Manage users</li>
     39                                <li>Manage permissions</li>
     40                        </ul>
     41                </td>
     42                <td valign="top">
     43                        <font color="blue"><b>Analyze</b></font>
     44                        <ul>
     45                                <li>Query and filter data</li>
     46                                <li>Add and run scripts</li>
     47                                <li>View execution log</li>
     48                                <li>Use APIs for R, Python and REST</li>
     49                                <li>Screen genome with GAVIN</li>
     50                        </ul>
     51                </td>
     52                <td valign="top">
     53                        <font color="blue"><b>Visualize</b></font>
     54                        <ul>
     55                                <li>Browse genome and charts</li>
     56                                <li>Plot data in R how-to</li>
     57                                <li>Visualization using R</li>
     58                                <li>Customize data reports</li>
     59                                <li>View data model</li>
     60                        </ul>
     61                </td>
     62                <td valign="top">
     63                        <font color="blue"><b>Share</b></font>
     64                        <ul>
     65                                <li>Setup data catalogue</li>
     66                                <li>Setup FAIR endpoints</li>
     67                                <li>Expose data via APIs</li>
     68                                <li>Tag data with ontologies</li>
     69                                <li>Integrate data with ontologie</li>
     70                                <li>Ask a question</li>
     71                        </ul>
     72                </td>
     73                <td valign="top">
     74                        <b>Admin</b><br>
     75                        <ul>
     76                                <li>Change menu</li>
     77                                <li>Change theme</li>
     78                                <li>Application log</li>
     79                                <li>Application settings</li>
     80                                <li>Reindex database</li>
     81                        </ul>
     82                </td>
     83                <td valign="top">
     84                        <b>My account</br>
     85                        <br><br> -
     86                </td>
     87        <tr>
     88</table>
     89}}}
     90
     91== Installation ==
     92
     93MOLGENIS Research can be installed first setting up a default MOLGENIS, followed by importing an EMX file with custom menu structure and minimal demo data. In a nutshell:
     94
     95* Download and install MOLGENIS (v5.1.0) at: http://search.maven.org/remotecontent?filepath=org/molgenis/molgenis-app/5.1.0/molgenis-app-5.1.0.war
     96* Download and import MOLGENIS Research (v0.1) at: http://molgenis.org/downloads/molgenis-research/MOLGENIS_Research_v0.1.xlsx
     97* For detailed instructions and more installation options, please see the documentation at: http://molgenis.github.io/
     98
     99== Demo and citation ==
     100
     101A functional MOLGENIS Research demo application is running at: https://molgenisXX.gcc.rug.nl.
     102
     103This work has been published as Van der Velde et al. ''MOLGENIS Research: Advanced bioinformatics software for non-bioinformaticians'', PubMed ID xxxx, DOI: xxxxx.
     104
     105