General backlog

Backlogs per app or module:

• apps/catalogue
• apps/animaldb
• apps/lifelines and apps/xqtl and apps/lifelines
• apps/xqtl and apps/xqtl
• modules/auth and modules/auth
• modules/genomebrowser

As PLINK user I want…

• download plink genotype file
• create plink file in background via quartz
• disable f5-en
• have plink file created faster

As matrix developer I want

• Specify what columns to show

As a matrix user I want…

• view geno data just as pheno data
• download geno data to plink file
• to filter on 'null' (not existent observedvalue)
• to know what protocol measurement comes from (nu zie je alleen measurements)
• type safe 'date' filter
• see tooltip for column headers
• have a matrix of 0 columns (only patient ids)
• maximum on 'limit' (so can't load everything)
• not see patients that have no values at all (?)
• group headers per protocol (evt tree)
• have 'pa_id' => 'name'
• export all spss zonder demo versie (licentie betalen)
• label spss codebook
• toggle to show labels or values for categorical
• I want to have rich html in my values (so I can could make a 'create litter' action)
• I want to hover values to see details
• I want to see targetproperties as column (e.g. Location.endtime) so I can filter on that
• I want to highlight newly added records

As PLINK user I want…

• create plink file in background via quartz
• disable f5-en
• have plink file created faster

As catalogue user I want …

• data requests to be stored in the database and sent per email
• to follow my data request (track, need to copy paper submission)
• have 'delete' on my selections
• download measurements via simple user interface

As Measurement user I want to …

• use 'xref(Individual)' as a dataType
• create a xref filter, e.g. TypeOfGroup?=Species

As a location manager…

• I want manage locations in treeview

As a developer I want …

• FreemarkerWidget? so I can inject freemarker anywhere in my java user interface

As in-house pipeline user I want the following

Oplossen van:

• Probleem: Marcel en Wil kan nog niet bij umcg queue. Gaan we oplossen via 'gcc' user.
• Probleem: problemen met argumenten, foutmeldingen beter
• Probleem: analyse run nummer lijkt hard gecodeerd (argument)
• Probleem: als je niet alle argumenten worden gegeven krijg je dan goede foutmelden, en zijn er args gegeven die ie niet snapt
• Probleem: runnen moet nu per project zodat scripts netjes gescheiden
• Probleem: Filteren met google docs gaat niet altijd zoals verwacht want je moet eerst alles selecteren
• Probleem: Er kwam geen QC mapje want per project moet je alles/niets concordance hebben

Besluiten:

• Besluit: Jobslog op een logische plek; bijvoorbeeld van hematologie. Beslissing: in de jobs directory.
• Besluit: Outputs per sample wegschrijven in subfolder intermediate. => dus daarvoor parameters.csv aanpassen (maar eerst kijken of we niet protocollen moet checken).
• Besluit: Demultiplexing moet voor alle samples, discarded reads in edemultiplexinfo. Aanpassen zodat de '_discarded' in zelfde rawdata/run/flowcell dir komt als '_barcode'.
• Besluit: jobnamen willen we graag de 'target' in de jobnaam (dus dan moet dependency via nummertjes). Maakt eenvoudiger om jobs te monitoren en te debuggen
• Besluit: release cycle waarin elke vier weken SOP + code opnieuw wordt uitgeleverd + test set.
• Besluit: afwijkingen op het SOP tijdens het runnen worden in een readme per project bijgehouden
• Besluit: alle analyses gaan runnen onder 'gcc' user vanwege permissies. Dit moet (a) via su gcc of (b) via keys makkelijk worden.
• Vraag: kan dat ook voor millipede???
• Besluit: moeten Marcel, Wil en Martijn up to speed brengen met database progress

Naast bovenstaande, eerste acties:

• demultiplex pipeline maken en runnen voor alle samples.
• generator maken om 'per project' worksheets te maken